Genómica Estructural

Área: Biotecnología | Carácter: Postgrado
Coordinación/Consultas: Esteban Hopp (ehopp@fbmc.fcen.uba.ar)

 

Genómica Estructural 2023

Materia de posgrado de la Carrera del Doctorado de la FCEyN-UBA.

Es una materia de posgrado que se superpone en su dictado con la primera mitad de Genómica Aplicada. Ambas materias se superponen una con la otra y los estudiantes estarán juntos, sin diferencias entre ellos. Atención: Como los contenidos temáticos de este curso se superponen con los de Genómica Aplicada, desalentamos la admisión de estudiantes que la hayan aprobado. En esos casos, la comisión de doctorado no otorgará puntos adicionales por este curso.

Por otro lado, Genómica Funcional es una materia de postgrado diferente de Genómica Estructural, pero ambas son de concepción modular, complementarias y consecutivas entre sí. Se pueden cursar independientemente una de la otra y resulta posible diseñar un plan de cursada específica intercambiando módulos de dedicación equivalente entre ambas materias en base al plan de especialización del alumno. Por ejemplo, un doctorando trabajando en evolución de plantas o moscas, podría no estar interesado en el módulo de metagenómica de Genómica Estructural e intercambiarla con el módulo de Biología de Sistemas y Fenómica de Genómica Funcional (respetando su ubicación en el cronograma). Un microbiólogo podría no estar interesado en GBS e intercambiarla con RNAseq, etc. Es decir, dependiendo del cupo de alumnos, existe la posibilidad de proponer combinaciones modulares que le resulten atractivas de forma tal que sumen cargas horarias equivalentes a la de una de las 2 materias. En todo caso, consultar a genetica@fbmc.fcen.uba.ar


Foto: Promoción de 2012 en el INTA Castelar

Cada una de las 2 materias otorga puntaje para el Doctorado en Ciencias Biológicas (el puntaje varía un poco según la subcomisión de doctorado) y reemplazan a Genómica Aplicada como opción de curso de postgrado cuando sólo se quieren cursar módulos específicos de la materia y no la materia en su totalidad. Genómica Aplicada solo podrá ser cursada por alumnos de grado de la carrera de Ciencias Biológicas o de otras carreras universitarias que tienen convenios con la FCEyN-UBA o alumnos de la Carrera del Doctorado de esta misma facultad. En otras palabras, si usted es graduado de otra facultad o Universidad y quiere cursar Genómica Aplicada, recomendamos inscribirse en la variante de Curso de Capacitación Profesional: Herramientas de Bioinformática Aplicadas a Análisis Genómicos que se superpone a esta materia.

Para detalles más específicos como fechas, cronograma, etc visite la página del campus virtual (puede ingresar como invitado).


Foto: Clase de RNAseq a cargo de Sergio González (curso de 2020)

Novedades: 

Desde que la materia se aprobó en 2006 y se dictó por primera en 2007, la genómica evolucionó y también se fueron renovando los contenidos de la materia aumentando progresivamente los conocimientos en bioinformática genómica, al punto que se constituyen en el tronco predominante de la materia. A partir de 2022, la materia se cursa en el edificio cero-infinito.

¿Cuándo se dicta?

Se dicta anualmente durante las 2-3 primeras semanas del mes de febrero en fechas que varían dependiendo de cuándo caen los feriados de carnaval.
Inscripción: Para Genómica Estructural: segunda y tercera semana de diciembre de acuerdo con las fechas que establezca el calendario académico de la facultad. Para detalles más específicos como fechas, cronograma, etc visite la página del campus virtual (puede ingresar como invitado).

Una vez expirado el plazo de inscripción oficial arriba mencionado (cuando ya cierra la tesorería para balance anual), aún resultará posible inscribirse en forma condicional (lista de espera dependiente del cupo de 30 alumnos totales) enviando un correo a genetica@fbmc.fcen.uba.ar. La inscripción se oficializará cuando reabra la facultad en febrero. A los inscriptos en forma condicional por correo electrónico, se les confirmará que podrán cursar 5 días antes de comenzar las clases que es cuando se pedirá reconfirmación de los inscriptos en diciembre (siempre hay alumnos que se anotan en diciembre por las dudas y después no cursan).

Los graduados que NO se encuentren inscriptos en la carrera del doctorado en Ciencias Biológicas de la facultad deberán inscribirse en Curso de Capacitación Profesional: Herramientas de Bioinformática Aplicadas a Análisis Genómicos que se superpone a esta materia. El arancel fijado por la facultad es de $6000 al cual hay que aplicar los descuentos para los que se desempeñen en Universidades Nacionales u otros organismos públicos, miembros de instituciones con las cuales haya convenio de reciprocidad en la exención de aranceles.

Requisitos: Graduados en Ciencias Biológicas o graduados en Ciencias Químicas, Agronomía, Veterinaria, Biotecnología, Bioquímica, Medicina o carreras afines que cuenten con formación previa en biología molecular.

Los postulantes deberán estar familiarizados con la lectura y análisis de publicaciones internacionales en idioma inglés. Cada alumno deberá tener acceso a una computadora portátil, la cual deberá tener espacio en el disco como para instalar (en una partición) el sistema operativo Linux que se utilizará durante la materia.

Importante: Para aquellos que cursan exclusivamente Genómica Funcional deberán contar con conocimientos previos de Linux y R o, alternativamente, atender a la clase de introducción a Linux y R de la materia Genómica Estructural. También pueden estudiar lo que se encuentra en las páginas Web de la materia de Linux y de R y esta otra de R.

Horarios:
Tres a cuatro veces por semana de 8.30 a 16.30 hs con clases teóricas y de computación. Desde 2017 se organiza en la forma de 4 grandes talleres (módulos) teórico-prácticos de secuenciación y bioinformática genómica, GBS (genotyping by sequencing), metagenómica/diversidad genómico-taxonómica de microbiota y epidemiología molecular. Si bien no se dictará efectivamente clase los 5 días de la semana, los alumnos deberán disponer de los 5 días (de lunes a viernes, de 8.30 a 16.30 hs) porque los talleres no tendrán días fijos.

Las teóricas ilustrarán cómo desde el conocimiento biológico se pueden diseñar experimentos para abordar la resolución de problemas o hipótesis e ilustrar diferentes formas de analizar estos datos. Las prácticas consistirán en ejercicios de computación que permitan a los participantes a aplicar métodos estadísticos para el análisis de los datos bajo la guía de los profesores y docentes auxiliares.

Dedicación total: 80 horas

TPs de laboratorio o de bioinformática: 50 horas

Seminarios de presentación y discusión de publicaciones: 10 horas

Teóricas: 20 horas

Forma de evaluación: Evaluaciones conceptuales sobre el contenido de los TP de bioinformática, resolución domiciliaria de un problema bioinformático con datos nuevos suministrados individualmente a cada alumno, basado en datos propios de la investigación del alumno o provistos por los docentes y Examen final (en caso de no promocionar).

Para más detalles, leer la página de Genómica Aplicada o visite la página del campus virtual (puede ingresar como invitado).

Objetivos: 

Enseñar los métodos y modos de razonamiento propios de la investigación genómica y de la bioinformática asociada para resolver problemas de investigación científico-tecnológica. Ejercitar los principales programas bioinformáticos que se utilizan en la actualidad en investigación genómica. Establecer la discusión crítica de resultados de las aplicaciones más relevantes en este campo. Brindar ejemplos de hechos recientes relacionados con la Genómica que tengan impacto económico-social. Estimular el pensamiento reflexivo acerca del estado del conocimiento en los temas de la materia.

Foto: Clase de metagenómica a cargo de Eva Figuerola, Natalia Pin Viso y Paola Talia (curso 2018)

 

Contenidos mínimos:

Mapeo físico y genético de genomas

Secuenciación genómica clásica y de nueva generación

Bioinformática genómica

Genotipificado por secuenciación (GBS) y mapeo por asociación (GWAS)

Metagenómica y caracterización taxonómica de biodiversidad en ecosistemas.

Aplicaciones.

Próximamente estaremos brindando esta información

Profesores JTP Ayudantes de 1° Ayudantes de 2°
Esteban Hopp Eva Figuerola
Laura Kamenetzky

Docentes Invitados:

Andrea Puebla (responsable del Servicio de Genómica, UGB-INTA)

Andrés Ribone (bioinformática, INTA)

Carla Filippi (UNMoreno, INTA, CONICET)

Natalia Aguirre (UNMoreno, CONICET, INTA)

Natalia Pin Viso (CONICET, INTA)

Pablo Vera (INTA)

Sergio González (INTA)

Verónica Nishinakamasu (INTA)